1、對離解度小的鹽類及不離解的物質(zhì)難以去除，例如，對水中的硅酸和不離解的有機物就不能去除掉，對碳酸根的遷移率就小一些。
2、電滲析器是由幾十到幾百張較薄的隔板和膜組成。部件多，狀組技術(shù)要求比較高，往往因為組裝不好，會影響配水均勻。
3、電滲析水處理是使水流在電場中流過，當(dāng)施加一定電壓后，靠近膜面的滯留層中電解質(zhì)的鹽類含量較少。此時，水的離解度增大，易產(chǎn)生極化結(jié)垢和中性擾亂現(xiàn)象，這是電滲析水處理技術(shù)中較難掌握又須重視的問題。
4、電滲析器本身耗水量還是較大的。雖然采取極水全部回收，濃水部分回收或降低濃水進水比例等措施，但本身的耗水量仍達20%～40%。因此，缺水地區(qū)，應(yīng)用電滲析水處理技術(shù)受到一定限制。
5、電滲析水處理對原水凈化處理要求較高，需增加精過濾設(shè)備。